牽頭負責生態環境業務綜合工作組織落實生態環境規劃，協調和審核生態環境專項規劃。承擔工業污染源綜合管理。組織落實生態環境統計、污染源普查和生態環境形勢分析。承擔污染物排放總量控制以及排污權交易綜合協調和管理工作。負責應對氣候變化和溫室氣體減排工作。承擔生態環境技術規范管理工作。組織起草生態保護規劃。組織開展生態狀況評估、各類創建、復核中的生態環境保護工作，開展生態示范創建。指導協調和監督農村生態環境保護，監督指導并組織實施農業面源污染治理工作。承擔自然保護地、生態保護紅線相關監管工作。組織開展生物多樣性保護。承擔生態環境損害賠償相關工作。監督野生動植物保護和濕地生態環境保護工作。牽頭生態環境保護目標責任制考核工作。配合開展生態環境科技攻關和技術工程示范，參與指導和推動循環經濟、清潔生產和生態環境保護產業發展。